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Una delle chiavi per controllare la sicurezza nei computer Host Integration Server è il file di configurazione. Per garantire una buona sicurezza con questo file, assicurarsi di installare il software server host integration server in una partizione NTFS (NT File System). Con NTFS, è possibile assegnare le autorizzazioni in base al file. Con il file system FAT (Tabella di allocazione file) o HPFS (High Performance File System), questo non è possibile. L'installazione del software Host Integration Server in una partizione NTFS è particolarmente importante per il server primario perché questo computer contiene la copia master del file di configurazione usato da tutti i computer Host Integration Server nel sottodominio.
Se è necessario installare Host Integration Server in una partizione non NTFS, è possibile limitare la possibilità agli utenti di visualizzare o modificare un file di configurazione host integration server tramite Host Integration Server SNA Manager, ma non sarà possibile impostare le autorizzazioni per i file nel file di configurazione stesso.
Inoltre, se si sceglie di installare il software per uno o più server in una partizione FAT o HPFS, è possibile impostare le autorizzazioni di lettura e modifica appropriate per la condivisione, che consente ai server di accedere al file di configurazione. Questa operazione non è necessaria per il software Host Integration Server installato in una partizione NTFS, perché le autorizzazioni per i file stabilite tramite Host Integration Server SNA Manager pongono un controllo più rigoroso sul file di configurazione che può essere stabilito controllando la condivisione.